Обикновено се използва в различни микроскопи, което позволява на хората да наблюдават различни флуоресцентни явления. Често използваните микроскопи са флуоресцентен микроскоп, лазерен, сканиращ кофокусен флуоресцентен микроскоп (LSCM), кофокусен микроскоп и пълен вътрешен рефлексентен флуоресцентен микроскоп (TIRFM). Използва се основно в областта на науките за живота и биомедицината, основната роля е в разделянето и избора на вещества в системите за анализ на биомедицинската флуоресцентна инспекция, характеризиращи спектъра на вълната на възбуждащата светлина и излъчващата флуоресцентност.